2002年11月29日，海南省环境科学研究院（海南省环境监测中心站）在原海南省环境科学研究所（组建于1990年）和原海南省环境监测中心站（组建于1974年）的基础上合并组建。她是海南省国土环境资源厅直属的公益性科学技术事业单位，为国家一级环境监测站，也是我省唯一的省级环境科学专业研究机构。全院设置了办公室、总工室、综合室、大气监测室、水质监测室、中心实验室、生态监测室、研究规划室、统计信息室、国际合作中心、固体废物管理中心、环境影响评价中心、清洁生产审核中心等13个科室。
环境监测、科研和经营是我院并驾奔腾的三驾马车。作为全省环境科研与监测的综合性研发机构，我院是全省环境科研监测的技术中心、信息中心、网络中心、培训中心，实施全省范围内的生态环境质量和污染源监测，承担我省基础性、战略性、公益性环境科学研究，开展环境影响评价、清洁生产审核、环境工程、环境监理、水土保持方案编制和地质灾害评估等六位一体的经营活动。
海南省环境科学研究院（海南省环境监测中心站）为我厅直属的公益性事业单位，国家一级环境监测站，是全省环境监测的技术中心、信息中心、网络中心和培训中心。负责海南省环境监测规划、计划，负责海南省环境监测技术管理、技术指导、技术培训、技术考核和监测网络管理；组织实施全省各类环境监测工作，同时承担全省主要江河、湖库和近岸海域和农产品产地环境质量例行监测，全省生态环境质量监测，地表水国控断面和全省饮用水源地月报监测，全省国控和省控重点污染源监督性监测，建设项目竣工环保验收监测，环境污染纠纷技术仲裁监测和突发性环境污染和生态破坏事故应急监测等监测工作。负责海南省基础性、战略性、公益性环境科学研究，负责建立海南省环境监测和污染源动态数据库。编制海南省环境质量、生态环境、污染源等的状况和变化趋势报告。负责海南省城市综合整治定量考核、环境保护目标责任制的技术管理、技术指导。编制环境科研规划计划，开展生态省建设、环境保护技术、政策研究和环境规划等研究。参与制订和修订本省环境标准和技术规定；参与社会经济发展和环境保护综合决策、国土综合规划、社会经济发展规划计划、环境保护规划计划的编制和修编等。负责环境保护国际合作与交流工作，策划和申报国际合作项目，协调环境保护国际合作研究项目的开展。从事废物进口登记及危险废物管理工作；承担进口废物环境风险评价、进口废物申请登记及材料初审、进口废物总量调配、废物跨省域转移的登记与材料初审、危险废物登记等工作。